人類が宇宙へと広がりはじめた時代。太陽系内には数々の地球化（テラフォーミング）された惑星が現れ、人類の版図は太陽系全域へ広がっていた。人類は初の統一政体、宇宙連邦を設立し、地上においては果たせなかった‘平和’という夢を宇宙に描くが―しかし、それが失望に変わるまでさほど時間はかからなかった。ニュー・ソラルと呼ばれる地球を故郷としない植民星で生まれた人々と、ネオ・テラーズと呼ばれる地球生まれの古くから多くの権益を有する人々の激しい対立。さらに、そのいずれにも属さない第三勢力であるディ・エルデの台頭―。広大な宇宙を舞台にした人類の勢力争いは、より混沌とした状況に向かいつつあった。そんな中、ニュー・ソラル派に属するエリート士官学校‘カールソン学園’に、あるニュースが飛び込んでくる。学園の卒業生であり、5年前の‘ヘルメス紛争’で多大な功績を残し、ニュー・ソラル派の市民から‘英雄’として慕われる二人の女将校が、‘特別教官’として学園に滞在するとのこと。思いがけない賓客の来訪に熱狂する学生達。だが、そんな浮ついた空気の中、密かに舌舐めずりする者がいた。カールソン学園生徒会長アルベルト・ペイン。かつての紛争で全てを失い、ニュー・ソラル陣営への復讐を誓ってこの学園都市に潜り込んだ工作員。彼を救い出し、悪魔の超機密テクノロジー‘洗脳装置（メモリープラント）’を貸し出した‘ボス’から指令が下る。‘ヘルメスの英雄’ユーリアとエリザを徹底的に洗脳改造し、意のままとなるメス豚に変えよ―！地球暦2256年、宇宙暦46年、新宇宙暦2年。辺境の星のエリート学園を舞台に、新たな陰謀の物語が幕を開ける。