現世とは少し違う、妖怪や精霊といった超自然的存在『フリークス』と人間が共存している世界。居住者の八割が『フリークス』たちの島である『カクリヨトバリ』そこで暮らす人間の少年『庚幹貴』は一つ上の従姉の『静海』と平和に暮らしていた。そんなある日、彼のもとにかつての幼馴染である『柳川幽香』が幽霊となって現れる。どうしてこうなってしまったのかわからないという幽香を旧友のよしみで一時的に住まわせることになった幹貴たち。だが、事件はそれで終わりではなかった。ある事故がきっかけで静海が『再生能力を持つフリークス』であると判明する。立て続けに親しい人たちがフリークスとなった幹貴はフリークスたちのまとめ役（の見習い）である『沼楽坂理央』と付き人の『九十九』と互いに協力し合いながら、彼女たちの正体と原因についての調査を始めることになるのだった。