トスカーナ地方のモンテ村にあるセント・エリギウス教会では、どこからともなく角笛が鳴り響き教会内が虹色の光に包まれる--そんな奇跡が起きていた。平賀とロベルトは調査に赴くが、教会のトロネス司祭は奇跡認定を拒絶するかのような態度を見せる。不可思議な現象は、なぜ起きたのか？平賀は奇跡の映像と音声を記録し、科学的に分析する。一方、ロベルトは教会の書庫を調査する中で、鏡文字で書かれた二冊の古書を見つける。翌日、礼拝堂で少年の無惨な死体が発見される。特集： バチカン奇跡調査官

生前に書き残した詩で、ヨハネはロベルトの死を預言していた。そのことに内心穏やかではないロベルトだったが、入室を許可された教会の図書室で大量の古書に瞳を輝かせ、調査に没頭する。一方、ジュリアの診療を手伝う平賀は、すっかり彼の人柄に魅了されていた。そんな平賀にジュリアは、図書室にある『呪われた古書』をロベルトが持ち出していることを伝える。3冊組のその書物は、触れると悪魔に魂を奪われると言われていた。特集： バチカン奇跡調査官

平賀とロベルトは新たな奇跡の調査を命じられる。それはアフリカのソフマ共和国で預言者として知られた、ヨハネ・ジョーダン神父の遺体が腐敗しない謎だった。早速ソフマへ渡った二人は、そこで呪術的な儀式が施された女性の殺害現場に遭遇する。不穏な空気の中、ヨハネがいたセント・カルメル教会を訪れると、責任者のジュリア司祭が現れる。大天使のように美しく、医療活動も行うジュリアは、多くの人々から尊敬を集めていた。特集： バチカン奇跡調査官

セント・ロザリオ教会で起きた連続殺人事件の真相に近づきつつある平賀とロベルト。ミハイル・ブラウン司教の部屋から持ち出した古代ルーン文字の書物の解読に取りかかったロベルトは、そこにすべての事件に繋がる事実が記されていることを突きとめる。ミハイル・ブラウン司教の正体、そして、半世紀以上も隠されてきたセント・ロザリオ教会の正体とは……！特集： バチカン奇跡調査官

再び神父が殺された。平賀とロベルトは手がかりを求め、寄宿学校を創設した亡きミハイル・ブラウン司教の部屋へ潜入するが、そこで悪魔崇拝を示す割り符の片割れを見つける。翌日、カルロスが悪魔憑きの状態で突然暴れだす。聖水を手に、意を決して悪魔祓いを試みる平賀とロベルト。やがて、落ち着きを取り戻したカルロスが語ったのは、セント・ロザリオ教会の暗部ともいえる事実だった。特集： バチカン奇跡調査官

セント・ロザリオ教会で、神父の一人が殺された。翌日、マリア像が涙を流し、寄宿学校では学生のマリオがトランス状態で神のお告げを口にする。重ねて起こる「奇跡」の真偽を調査する平賀とロベルト。その頃、学生のカルロスは何かに怯えるように寮の自室で閉じこもっていた。そんな時、再び事件が起き、今度は神父とシスターの二人が殺される。平賀は一連の殺人には共通点があると気づくが……。