旧王都デルヴァンクールの奪還作戦に向かった銀鳳騎士団の前に、再びヴィーヴィルが立ちはだかる。エルはヴィーヴィルとの再戦を見据え、ジルバヴェール（対空衝角艦）にデトネーションジャベリン（魔導火節）を搭載。ヴィーヴィルは降り注ぐジャベリンをすべて破壊するも、それこそがエルの狙いだった。窮地に陥るドロテオに、オラシオはマキシマイズ（最大化戦闘形態）の発動を進言。エルとオラシオ、天才同士の意地が激突する。

ヴィーヴィル（飛竜戦艦）の襲来とともに、ジャロウデク軍の反抗が始まった。炎に包まれる城塞都市から脱出する住民たち。混乱に乗じてグスターボがあらわれ、ディーとの因縁の戦いが再び幕を開ける。上空ではエルがイカルガで奮闘するも、法撃に格闘、雷による防御も併せ持つヴィーヴィルは強敵だった。一進一退の攻防を繰り返す中、オラシオは「特殊砲弾」の使用をドロテオに進言する。はたしてオラシオが仕掛けた罠とは……？

銅牙騎士団の奇襲を退けたエルたち。だがこの戦闘によって、エレオノーラの居場所がジャロウデク軍に察知されてしまう。クリストバルはただちに黒顎騎士団と鋼翼騎士団を擁し、エレオノーラが身を寄せているミシリエを完全に包囲。しびれを切らしたクリストバルが進軍の号令を下すと、このタイミングを待っていたエルたちの対空攻撃が開始された。撤退を余儀なくされたクリストバルの前に、鬼神のごときイカルガが立ちはだかる。

ジャロウデク王国は、いにしえの大国ファダーアバーデンの正統な後継者を名乗り、西方諸国へ宣戦布告した。のちに「大西域戦争=ウェスタン・グランドストーム」として語られる大乱の火ぶたが切られたのである。飛空船レビテートシップと新型機ティラントーを投入したジャロウデク王国の圧倒的な戦力は、瞬く間にクシェペルカ王国を制圧。事情を知らないエルたち銀鳳騎士団は、クシェペルカ王国の関所に差しかかるが……。

凄腕プログラマーにして重度のロボットヲタクの青年が転生したのは、巨大ロボット「幻晶騎士=シルエットナイト」が大地を揺るがす騎士と魔法の異世界だった！？エルネスティ・エチェバルリアとして生まれ変わった彼は、豊富なメカ知識とプログラマーとしての才能を活かして、理想のロボット作りをスタート。だが、その行動が予期せぬ事態に発展して……！？ロボットヲタクの野望が、異世界を変える！！

エーテルリアクタの生産地、アルフヘイムに魔獣シェルケースの大群が迫っていた。アルフヘイムが壊滅すれば、エルの「理想のシルエットナイト作り」の野望も潰えてしまう。エルは奮起し、銀鳳騎士団はただちに出陣。最後の防衛拠点、アルチュセール山峡関要塞が陥落しようとする瞬間、勇壮にはためく騎士団旗とともにエルたちが到着した。だがシェルケースの‘女王’と遭遇したエルたちは、その巨大さに言葉を失うのだった。

ついに完成した人馬騎士ツェンドルグ。銀鳳騎士団はテレスターレなどの新型機も携えて、ラボとの模擬試合に挑む。一方のラボ側は、試作機カルダトア・ダーシュを、手練れのナイトランナー集団‘アルヴァンズ’に託す。試合はエルの意表を突く先制攻撃で幕を開けた。想定外の戦いに、序盤こそ圧倒されたアルヴァンズだったが、徐々に銀鳳騎士団を圧倒し始める。この展開を予測していたエルは、冷静に逆転の機会を見定めていた。

アンブロシウスはさらなるシルエットナイト開発の一環として、国立機操開発研究工房（通称ラボ）と、エルを団長とする銀鳳騎士団による、新型機同士の模擬試合を命じた。ラボがカルダトアの後継機開発を進める一方で、エルはカザドシュ事変を教訓に、機動力を重視した機体を投入することを決意。そのためには、息の合った二人の騎操士、双子のキッドとアディが適任だという。はたしてエルが提案した衝撃の新型機とは……？

新型シルエットナイト、テレスターレがいよいよ完成した。だが、エルの行動に懸念を抱いていたディクスゴードは、学園に朱兎騎士団を遣わせる。カザドシュ砦にテレスターレを搬送し、自ら性能を確かめようというのだ。道中、魔獣シェイカーワームの襲撃に遭い、予期せず実戦を経験したテレスターレだったが、結果的に制式機カルダトアを凌駕する機体であることが判明。報告を受けたディクスゴードは、直接エルへの尋問を開始する。

カザドシュ砦に潜入したケルヒルト率いる銅牙騎士団の目的は、新型機テレスターレの強奪だった。エドガーとディーは奪われた2機のテレスターレと遭遇し、戦闘状態に突入。キッドとアディもシルエットギアを駆り、追撃に加わった。一方、エルは砦に残った賊を鎮圧するためシルエットギアで出撃。無帽にも賊が操るテレスターレに立ち向かっていく。だが新型機を知り尽くしたエルは、驚くべき作戦で敵を圧倒してしまうのだった。

わずか12歳の子どもがベヘモスを討ち取ったという大事件は、すぐさま国王アンブロシウスにも伝えられた。国王から褒賞について問われたエルは、これを千載一遇のチャンスととらえ、シルエットナイトの心臓部エーテルリアクタの製法に関する知識を願い出る。国家機密を要求するという事態に動揺する重鎮たち。だがアンブロシウスはエルの真意を受け止め、最高の機体を作り上げれば、必ず褒美を取らせると約束するのだった。

夜間演習中に魔獣の襲撃を受けた生徒たちだったが、エルの機転で危機を脱した。だがエルは、魔獣の様子に疑念を抱く。魔獣はまるで何かを恐れて逃げているかのようだった。エルの予感は的中し、やがて強大な魔獣ベヘモスが現れる。ベヘモスのような師団級魔獣の出現は建国以来300年ぶり。ヤントゥネン騎士団を総動員しても、打ち倒すことは難しいという。生徒たちが脱出を開始する中で、エルは想像を超えた作戦を開始する。