保健室に向かっはずのゴウが体育館へ入っていく所を目撃したかすみ。不審に思ったかすみはゴウの後をつけ、体育用具室の跳び箱の下に穴があるのを発見、その中に落下してしまう。かすみが辿り着いた場所はドライブヘッド格納庫。時を同じくして、女怪盗・マイコが何者かの依頼を受け機動救急警察本部に忍び込んでいた。マイコと鉢合わせしたかすみはマイコを本部の職員と思い込む。

ネットワーク異常が広い範囲で発生、全ての電子機器が制御不能となる。さらには大量の工事用ウォーカービークルが暴走して街は大混乱。そして機動救急警察本部も何者かに乗っ取られ、ドライブヘッドが出動できない事態に陥る。西園寺達は基地のシステムを手動で動かそうと奮闘する。そんな中、SIBマックスだけは異常現象の影響を受けずに活動を続けていた。

街では目玉を象ったデザインが流行中。西園寺とジョーはそのマークの背後に大規模な事故や災害を引き起こす真犯人がいるのでは、と推測するが詳細は不明のままだ。そして刈狩もまた自分のアジトでマークの正体について調査を進めていた。そんな時、刈狩のウォーカービークルが勝手に動き出し刈狩に襲いかかってきた。現場に駆け付けた黒江田はそのウォーカービークルと戦うが――

機動救急警察の紹介ビデオを制作中の伊沢と石動。本部ビルの中を撮影しているとゴウに遭遇する。伊沢達はゴウがドライブヘッドのドライバーであることをカメラ前で打ち明け、これまでの活躍を紹介する。タイガ、ミコト、ジンも来て、救助活動を振り返ることに。

久しぶりに父子揃って休暇を取れることになったゴウとジョー。久美子を驚かせてやろうとこっそり帰宅した二人だが、久美子は留守。ジョーとゴウは「家出したのでは？」と不安になる。そこに事故発生の報が。リゾート地の観光用潜水艦が浮上できなくなり、海中に乗客と乗員が取り残されているというのだ。水中での活動に適していないドライブヘッドがどうやって彼らを救出するのか。ジョーはある方法を提案する。

最新鋭の巨大クレーン船で橋桁の架設が行われているベイフロントリバー。見物客が見守る中、クレーン船がコントロール不能に陥る事態が発生する。クレーンは橋を吊り下げたまま川を進み、川沿いの建物や橋・道路を破壊。出動したゴウ達は被害拡大を防ぐため、クレーンから橋を切り離す作戦に出る。その後クレーン船lは川幅の狭い支流へ進路を変えて進行。このままでは高層マンションにクレーンが激突して大惨事となってしまう…！

ブラックチップによる事件・事故が相次ぎ、SIBマックスのドライバー・黒江田はその出どころを探して奔走していた。一方、機動救急警察ではホワイトホープの後継機・ホワイトクリスタルホープが完成。そこにコンテナ船転覆の報が入り、船内に残された乗員を救出するためホワイトクリスタルホープが初出動する。転覆事故の原因はブラックチップ使用によるものと判明、黒江田はジョーにチップ解析の協力を仰ぐ。

ショーの誘いでダムの放水見学にやってきたジンとミコト。放水の迫力に喜ぶジン達だったが、時間が経過しても水が止まらないという異常事態が発生する。原因を探るためダム管理施設を訪ねるジョー達。発電所一帯で発生した電磁波障害により、放水設備の制御が出来なくなったためだと判明するが、通信機器が使えず状況を本部に報告することが出来ない。ジョーは連絡手段を探して山越えを決行する。

走行中のトレーラーにミサイルが着弾して炎上するという事件が起きる。ミサイル攻撃してきたのは黒いドライブヘッド。現場を通りがかったゴウ達は黒い機体を捕えようとするが、トレーラーから飛び出してきたのは、刈狩のウォーカービーグルだった。黒いドライブヘッドの正体は機動強襲警察に所属するSIBマックスで、刈狩を追跡しているところだったのだ。ゴウ達はそのドライバーと対面することになるが……

オープンを控えた遊園地・極東レジャーランドの取材にやって来た笹川アナ。その目玉アトラクションの観覧車・メガドリームに試乗した笹川アナだが、ゴンドラが頂上に達したその時、観覧車が支柱から外れる事故が起きる。レジャーランド敷地内を出て街を破壊しながら進んで行く観覧車。チーム・ドライブヘッドは観覧車を安全に止めることが出来るのか！

夏休み。訓練の名目で宗像の祖母の家がある離島・隠不安島へとやって来たゴウ達。南の島でのひと時を楽しもうと意気込むゴウ達だったが、その島には奇妙な噂が流れていた。島の反対側に黄金の骸骨や謎の円盤が現れ、人々を不安に陥れているというのだ。祖母の訴えもあり、気になった宗像達は調査に出かけることに。そこで彼らが見たものとは――？

急ピッチで建設の進む高層ビル。だが悪天候により自動クレーンの安全装置が働き、作業が止まってしまう。工事の遅れを懸念した監督は安全装置を無効にする違法チップを使用し建設続行を試みるが、その結果クレーンが暴走、ビル周囲に鉄骨が降り注ぐ大事故となる。被害が広がる中、出動するチーム・ドライブヘッド。その中には初出動となる新たなサポートビークル、レスキューブルチェーンソーの姿があった。