エルドラディモンはギズモジャベリンに貫かれ、さらにトーマが謎の男たちとともにヘリで飛び去ってしまった。無言で大たちの元を離れたトーマは、実家に戻り病身の妹・リリーナと再会していた。だが、そこでトーマを待ち受けていたのは倉田だった。驚愕するトーマに、倉田はある取り引きを持ちかける…。特集： デジモンセイバーズ

「倉田とともに平和な世界をつくる」と言いはなったトーマへの怒りは、シャイングレイモンに恐ろしい変化をもたらした。バンチョーレオモンが絶対に使うなと警告した‘バーストモード’を、大は発動させてしまったのだ。そして、負のパワーによって凶暴化したシャイングレイモンは、街を破壊し…。特集： デジモンセイバーズ

手当てされ目を覚ましたイクトとファルコモンが、究極体・ベルフェモンを復活させデジタルワールドと人間界を支配するという倉田の野望を告げる。やがてベルフェモンが解き放たれるその時、トーマの妹・リリーナの病気を治療するため、デジモンと融合させる手術が始まろうとしていた。果たして、トーマの本当の目的とは…？特集： デジモンセイバーズ

トーマにいっぱい食わされたことを知った倉田は、自ら融合することで強大な力を持つベルフェモンレイジモードへと進化した。トーマがミラージュガオガモンとともに帰り、ファルコモンが究極体レイヴモンへと進化。残るは、デジタマとなったアグモンが戻ってくるのを待つだけ。大はアグモンを呼び戻すことができるのか？特集： デジモンセイバーズ

大の叫びと純粋なデジソウルが、アグモンをよみがえらせた。ボロボロになったトーマたちもまた、ベルフェモンに反旗を翻す。憎しみからではなく、仲間と心をひとつにすることで発揮できる真のバーストモードが発動する。ベルフェモンを、究極をも凌駕する本当の力が…！特集： デジモンセイバーズ

ついにベルフェモンが倒れた！しかし、最後の瞬間に倉田は時空振動爆弾を炸裂させる。世界の壁が崩れたことにより、デジタルワールドと人間界はやがて衝突し、ともに消えてしまう。デジタルワールドの神・イグドラシルは、その前に人間界を消滅させるべく行動を開始した。果たして人間界の運命は！？特集： デジモンセイバーズ

デジタルワールドの動きが止まった！バンチョーレオモンがみずからのデジソウルをすべて解放し、堕ちてくるデジタルワールドを支えているのだ。イグドラシルに会うためデジタルワールドへ向かった大たちは、そこで新たな敵ロイヤルナイツの一人であるクレニアムモンと出会うことになる！特集： デジモンセイバーズ

ロイヤルナイツたちとともに現れた人物は、驚くべきことに大の父・英だった。しかも、英こそがイグドラシルその人だというのだ！大たちは危機一髪のところを薩摩隊長とスレイプモンに助けられ、いったん人間界へ戻る。しかしロイヤルナイツのひとりデュークモンもまた、人間界へとやってきていた…！特集： デジモンセイバーズ

父の本心を確かめるため、一人デジタルワールドへと向かった大。人間界はロイヤルナイツたちの軍勢に侵攻され、淑乃たちがそれを迎え撃っていた。そんな折、トーマの父親は無謀にも故郷へ向かおうとしていた。世界は今、どこにいても危険であることに変わりはない。トーマはリリーナを守るため、父のもとへ向かう！特集： デジモンセイバーズ

ロードナイトモンを撃破したトーマは、大を助けるためデジタルワールドへ向かうことを決意する。淑乃たちもまた、人間界で戦い続けていた。そんな時、大の家に異変が起こる。竜巻とともに、幼年期のデジモンたちが落ちてきたのだ。そしてそこには、かつて知香と心を通わせたピヨモンの姿があった…。特集： デジモンセイバーズ

大とアグモンは、再びゴツモンと合流しイグドラシルの元へと急いでいた。その前に立ちふさがったのはクレニアムモン。イグドラシルから与えられた最強の槍クロウ・ソラスと、最強の盾アヴァロンを持つクレニアムモンには、ジオグレイソードすら太刀打ちできない。そこへ、人間界からトーマたちが駆けつける！特集： デジモンセイバーズ

トーマや淑乃、イクトたちが敵の相手をする中、大とアグモンはようやくイグドラシルの前にたどり着いた。だがその時、大たちに道を譲ったはずのクレニアムモンが人間界に姿を現す。知香を守ろうとするピヨモンが迎え撃つが、果たしてその目的とは！？そして大と英の対決の行方は！？特集： デジモンセイバーズ

突然姿を現し、本当の父は自分だと宣言したバンチョーレオモン。彼は大たちを前に、なぜ自分が大門英であり、イグドラシルが英の姿をしているのかを語った。真実が明らかになった時、英の姿をしたイグドラシルがふたたび大たちの前に姿を現し、容赦のない猛攻撃をしかけてくる。大たちに立ち向かう術はあるのだろうか…。特集： デジモンセイバーズ

ようやく倒したと思ったイグドラシルが、真の姿を現した。大たちを攻撃するだけでなく、天罰と称して人間界をも破壊しようとするイグドラシル。人間界へと降り立ったイグドラシルを追う大たちは、その圧倒的な力にひるむことなく、最後の戦いを挑む。大たちの思いは、人間とデジモンたちの心を一つにする！特集： デジモンセイバーズ

大とアグモンは、トーマや淑乃やイクト、それにロイヤルナイツをも含む数多くのデジモンたちの思いを受け、渾身の一撃をイグドラシルに放った。そうして、イグドラシルはついに敗北を認める。そして、人間界とデジタルワールドの間にあった次元の壁が復活し始め、デジタルゲートは閉じられることになる…。特集： デジモンセイバーズ