南の島へのバカンスは、実は学校の特別試験だった。生徒たちは1週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。この試験の成績次第で、A～Dの各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減してしまう。しかしDクラスは、慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。特集： ようこそ実力至上主義の教室へ

1年生夏休みの学校行事として行われる南の島でのバカンス。島へ向かう超豪華客船内では、レストランの料理も各種レジャー施設も無料で堪能できる。気を緩めて楽しむDクラスの生徒たちだが、Aクラスの統率者である葛城と坂柳、Cクラスの独裁者・龍園に反発する伊吹など、不穏な動きを見せる者がいた……。特集： ようこそ実力至上主義の教室へ

夏休みに入っても、孤独を貫く少女・堀北は、誰とも会わず読書と勉強だけの日々を送っていた。そんなある日、綾小路から「男女合同でプールに行こう」と誘われる。普段であれば断るのだが、『とある事情』により誘いに乗る堀北。一方その頃、Dクラスの池を中心とした男子たちは、何やら怪しい計画を立てていた。特集： ようこそ実力至上主義の教室へ

佐倉の証言により、暴行事件の審議は五分に持ち込まれた。次回の審議をさらに優勢へと傾けるため、方法を探すことになる綾小路と堀北。折りふし、佐倉の周囲に怪しい男の影がチラつく。佐倉愛里のもう一つの顔=グラビアアイドル『雫』の熱狂的なファンが、ストーカーと化して校内に入り込んでいたのだ……！特集： ようこそ実力至上主義の教室へ

須藤がCクラスの生徒に対し、暴行事件を起こした。後日、生徒会立ち会いの下で審議が行われ、結果次第でDクラスはポイントを剥奪されてしまう。須藤の正当防衛を裏付ける証拠探しに奔走する中、綾小路はBクラスのリーダー・一之瀬と協力関係を結ぶ。また、事件の裏でCクラスの統率者・龍園が暗躍していて……？特集： ようこそ実力至上主義の教室へ

学校側の予想に反し、高得点を叩き出して中間試験を終えたDクラス。その裏には、堀北たちの必死の努力、そして綾小路の暗躍があった。しかし成績面を最も不安視された須藤が、たった1点及ばず赤点となってしまう。彼の退学は決定したかに思われたが、既に終わった試験結果を覆すため、綾小路が最後の一手を打つ。特集： ようこそ実力至上主義の教室へ

AからDの各クラスは生徒の能力によって分けられ、Dクラスは『不良品』と呼ばれる生徒が集まる落ちこぼれクラスだった。彼らは入学後1ヶ月間の自堕落な生活のため、学校からの評価を徹底的に落とし、毎月もらえるはずの10万円分のポイントをすべて帳消しにされる。極貧生活を強いられ、さらに今後試験で赤点を取れば即退学という厳しいルールを告げられ、大騒ぎに陥るDクラス。そんな中、自分がDクラス配属であることに納得できない堀北は、DクラスをAクラスへ昇格させることを目指す。成り行きから彼女を手伝うことになる綾小路。最初の課題は、間もなく行われる中間試験を、赤点者を一切出さずに乗り切ることだった。特集： ようこそ実力至上主義の教室へ