千晶が激怒!? どうやらスマホでカンニングした生徒を見つけたらしく、いつもと違う雰囲気に驚くクラスメイトたち。そして事態はスマホの持ち込み禁止を徹底するか否かを決める、生徒総会へと雪崩れ込む。青木の無責任な優しさで増長する一部の生徒たち。厳しい態度を崩さない千晶。どうなる!? 生徒総会！

骨董屋さんが仕入れてきた怪しげなランプ。聞けば百年に一度見られるかどうかの映像が見れる代物という。それはなんとアパートにいながらにして、大空を駆け、砂漠にそびえる異形の城を目撃できる不思議なランプだった！ 世界は広いと感じる夕士だが、更に驚く体験が待っていて…!?

文化祭が近づき、クラスの催し物を考える夕士たち。千晶先生の丸投げ姿勢にみんなはびっくりするが、夕士はそこに自分たちへの信頼を見て、改めてそれに応えようと思う。そんな中、英会話クラブへの欠席が続く小夏を気にかける夕士。次第に彼女が「メッキ」をまとう理由が見え始めて…。

屋上から飛び降りようとしていた少女・浅田有実を助けた夕士。メイクばっちりの派手な格好で大人びているが、まだ小六だという！ なぜかなつかれてしまった夕士は、英会話クラブの催しに一緒に連れていくことになる。だが意外にも有実は、そこで広い世界の一端を知ったようで……？

学業と修行に明け暮れる中、訪れる三連休。だが夕士にとっては稼ぎ時！ みっちりバイトに励む夕士が頼まれたのは、新人バイト2人の教育係だった。しかし視線を合わせず、話を聞いているのかも分からない2人に不安を覚える夕士。そんな最中、クレームが入り新人たちのミスが発覚してしまう！

中秋の名月を愛でる秋がきた！ サンマ、キノコ、梨に栗にと味覚の秋を堪能すべし！ そして何よりお団子だ～！ と、お月見の準備で餅つきを始める寿荘。そんな中、秋音の師匠・藤之先生と、バイト先である病院の患者さん達もお月見にやって来た。妖怪と人間の入り混じるお月見で、夕士は生きることの意味に想いを馳せる…。

青木先生から、両親を失って苦労している“はず”だと言われた夕士。善意からかけられる優しい言葉だが、そう思っていない夕士は、一面だけを見て決めつけ、押し付けられる「善意」に苛立つ。厳しくする事も、何もしない事も、時には優しさではないのか？ 一色さんの言葉はそのキーワードのようで……。

常軌を逸している三浦に一体何がおこったのか？ 再びプチ・ヒエロゾイコンからコクマーを召喚し探っていく夕士。寿荘の面々にも相談しつつ真相に迫っていく。小部屋の落書きの念。蓄積した負の感情は「イドの怪物」となって器を探し求めていたのだった……！

田代たちと話していたら新任教師の三浦に怒鳴られた夕士。納得いかない気持ちだったが、その時に話していた学校の怪談が気になり、調査に乗り出す。ノルン3姉妹を呼び怪談について占ってみると、なにやらドロドロした物を感じるという。そして夕士は田代と演劇部の物置で「女を呪う言葉」の落書きを見つけてしまい……。

夏休みも終わって新学期。学校まで付いてくるフールを他人に見られないかドキドキしながら登校する夕士は、他校から赴任してきた教師・三浦の「仄暗い」感じが妙に引っかかる。そんな折、この世界とは位相を異にする隠れ里から、又十郎と呼ばれる巨人がやってきた！

魔道書の主となってしまった夕士だが、ひょんなことからそのことが親友の長谷にバレてしまう！　妖怪アパートに住んでいることをついに告白しないといけないが…。そんな中、魔道士の修業のための霊力特訓まで始めるハメに！

ついに長谷がアパートにやって来た！ 寿荘の人たちへ気の利いたプレゼントを持参するが、ここに住む妖怪・幽霊・精霊といった不思議な存在を受け入れてくれるのか、夕士はドキドキ。そんな長谷は、子供の幽霊・クリの可愛さにメロメロになってしまって――？

食品会社に勤める藍原唯。恋人の哲哉からプロポーズされるが、素直に喜べない事情があった。それは数年前、中華料理店を営んでいた父が出前の途中で酔っ払いに絡まれ、意識不明の重体で入院生活が続いていたのだ。そして唯が捜していた事件のカギを握るタトゥがある人物が……。

寮に引っ越した夕士は改めて普通の生活に戸惑ったり、寮での人間関係にギクシャクしたりして思い悩む。そんな折、人間社会でサラリーマンとして働いている幽霊・佐藤さんと街で再会する。そして確執を抱えていた従姉妹・恵理子とも再会するが……。

15年前、北白蛇神社に眷属の灰が溜まってしまったことが、結果として様々な怪異をこの町に引き寄せる遠因となったことを、暦は伊豆湖に知らされ---。

臥煙伊豆湖との待ち合わせ場所で、暦と駿河は忍野忍に出会う。そこに、新たな怪異が現れ、暦たちを襲うのだが、その正体は…。

突如現れた怪異に襲われた阿良々木暦と神原駿河。間一髪で斧乃木余接に助けられた二人は、彼女の助言で、共に臥煙伊豆湖との集合場所へと向かうのだが…。

夏休みが終わり、二学期が始まった直後、吸血鬼とのペアリングが切られ、およそ半年ぶりにほぼ生身の人間となった阿良ヶ木暦は、臥煙伊豆湖からの依頼を受け、学習塾跡に神原駿河を呼び出した。

失踪した母の捜索を約束し、老倉育のマンションから出てきた阿良々木暦と羽川翼。この事件の疑問点をまとめようと、マンション前の広場のベンチに座ったのだが、そこに忍野扇が再び姿を現す。

羽川翼とともに、老倉育の住むマンションの一室へと足を踏み入れた阿良々木暦。頬を赤く腫らしたパジャマ姿の育を前に、暦は昔の話を始める。

老倉育は2年ぶりに登校したあの日以降、戦場ヶ原ひたぎとの一件の翌日から、再び学校に姿を現さなくなった。阿良々木暦と羽川翼は彼女を見舞うため、育の家に向かうのだが、そこに忍野扇が現れる。

五年前の一学期が終わろうとする頃、中学一年生の阿良々木暦は、突如自分の前に現れたモンティ・ホール問題に興味をそそられ、その解を求め、とある廃屋を訪れていた。

老倉育との再会をきっかけに、通っていた七百一中学校を訪れた阿良々木暦と忍野扇。かつて使用していた下駄箱を訪ねると、そこには中学一年生の暦に宛てた封筒が入っていた。

神原駿河に忍野メメの姪と自称する転校生の少女、忍野扇を紹介された阿良々木暦。 学校を移るたびに校舎の図面を作成している扇は直江津高校の図面に存在する不思議な点を発見し、その隠し部屋に暦を誘ったのだが…。

子供の幽霊・クリと、犬の幽霊・シロはいつも一緒。だがその理由は、クリが死んだ原因にあるようで……。妖怪アパートに現れたクリの母と対峙することになった夕士は、自分にはもういない子を思う母親の愛情に思いを馳せる……。

寮が建て直され、夕士がアパートを出ていく日が迫る。アパートの面々による賑やかで、心温まる送別会。さらに心の籠った餞別を貰う夕士。さようなら妖怪アパート。かくして夕士の「こっち側」の生活が始まる。

お笑い芸人・混沌スイーツのナナコとハル。二人の人気は日増しにあがり、ネタを書く時間もないほど多忙を極める。ボケとツッコミの関係を地で生きている二人に見えたが、秘密があった。過去に結ばれた二人だけの約束とは……。