暗殺組織‘YAIBA’に捕らわれた女仕事人の純は拘束され、コスチュームを脱がされ、恥ずかしい下着姿にされ拷問されていた…。首を絞めつけ電気を肉体に流される純は悶絶し、涙を流しながらも女仕事人‘SHINOBI’の秘密は喋らなかった…。暗殺組織の元締めは捜査官である春奈の上司だった。春奈は犯罪の汚名を着せられる。春奈は自分の身の潔白を証明するために、暗殺組織と戦う事を決意する…。京香は春奈と一緒に拷問される純を助けに行く。だが、元締めは女捜査官春奈と純の姉の死との因果関係を語りだす…。自分と京香を逮捕しようとしていた女捜査官春奈を一度は信じた純だったが、再び二人の関係に亀裂が入る。元締めはそれに付け込み京香 純 春奈の3人を拘束する事に成功する…。3人はリンチとも呼べる拷問をされ抹殺されそうになる。間一髪で、京香のメスが拘束された縄を切り裂く…。京香は自分達の仲間を殺された恨みを晴らす事を決意し、女仕事人達の殺しの技が闇の中で炸裂する…。

京香と純は闇の暗殺組織YAIBAを抜け出し、社会的弱者の晴らせぬ恨みを代わりに晴らす女仕事人として、ずば抜けた身体能力と技でこの世の悪しき権力者を暗殺してきた。彼女達がそんな殺伐とした日々にピリオドを打とうと考えた矢先に、YAIBAの元締めが裏切り者の彼女達を抹殺しようと凄腕の暗殺者を京香と純に仕向ける…！――そのころ女捜査官・真柄春奈は、とある暗殺者達が犯した殺人事件の捜査をしていた。ある手がかりを元に春奈はその事件に関与していた京香と純に遭遇し、逮捕のチャンスを掴むが寸でのところで彼女達に逃げられてしまう…それから時は流れ京香は女医として、純は音楽の教師として、平凡だが幸せな日々を過ごしていた。だが、謎の覆面男の元締めは彼女達の居場所をついに突き止め、裏切り者としてのけじめをつけさせようとする。そして自らの運命に決着をつけるため、京香と純の命を賭けた戦いが始まる…！その矢先、再び彼女達と偶然遭遇した春奈は今度こそ逃がすまいと純を手錠にかけ、手出しの出来ない京香までも捕まってしまう。春奈に拷問まがいの尋問を受ける二人。過去の過ちを辿っていくうちに暗殺組織の元締めは実は警察内部に潜んでいることが明らかになっていく…彼女達の戦いは混迷を深め、泥沼化していく…。