謎めいたガミラスの青年キーマンに誘われて、月面のガミラス大使館で大使のバレルと面会した古代は、惑星テレザートとテレサの物語を聞かされる。そして地球に戻った古代は〈コスモリバースシステム〉が地球にもたらした負の遺産の存在を知らされるのだった。改めて地球政府の方針に憤る古代は、自分たちに送られてきたテレサのメッセージに応えるべきと防衛軍の上層部に掛け合うが、ヤマト発進の許可を得ることはできなかった……。海底ドックに眠る宇宙戦艦ヤマトの前に、あのメッセージを受けたヤマトクルーが集う。古代は彼らと共に、‘反逆’とも取られかねぬ独断での出航を決意するのだった。いま再び、宇宙戦艦ヤマトが発進する。行く手に待ち受けるのは、彼らを止めようと展開する最新鋭のアンドロメダ艦隊。一方そのころ、太陽圏に侵攻したガトランティス先遣部隊が、第十一番惑星に迫っていた――。

第十一番惑星の岩塊に埋もれたヤマトの頭上に、おびただしい数のガトランティス増援艦隊が到着する。波動砲を封印した今のヤマトには為す術がない。逡巡の末に、古代が取った道とは──。苦難の連続で追い詰められた古代を見かね、ヤマトに密航していた雪が姿を現したところで、事態が好転することはない。必要に駆られ、惑星シュトラバーゼへと立ち寄ったヤマトを、二つの巨大な罠が襲う。ガミラスに革命を促さんとする反乱軍は、なぜヤマトを待ち構えていたかのようにシュトラバーゼを襲撃したのか。その混乱の中、古代はアケーリアス文明の遺跡の中でガトランティスの意思を体現する男と対面を果たしていた。宇宙の真理として絶対的な‘愛’を説く男は、「おまえの愛を示せ」と、古代に恐るべき選択を迫るのだが──！？

謎めいたガミラスの青年キーマンに誘われて、月面のガミラス大使館で大使のバレルと面会した古代は、惑星テレザートとテレサの物語を聞かされる。そして地球に戻った古代は〈コスモリバースシステム〉が地球にもたらした負の遺産の存在を知らされるのだった。改めて地球政府の方針に憤る古代は、自分たちに送られてきたテレサのメッセージに応えるべきと防衛軍の上層部に掛け合うが、ヤマト発進の許可を得ることはできなかった……。海底ドックに眠る宇宙戦艦ヤマトの前に、あのメッセージを受けたヤマトクルーが集う。古代は彼らと共に、‘反逆’とも取られかねぬ独断での出航を決意するのだった。いま再び、宇宙戦艦ヤマトが発進する。行く手に待ち受けるのは、彼らを止めようと展開する最新鋭のアンドロメダ艦隊。一方そのころ、太陽圏に侵攻したガトランティス先遣部隊が、第十一番惑星に迫っていた――。

西暦2202年・甦れ宇宙戦艦ヤマトあのイスカンダルへの大航海から3年。コスモリバースシステムによって蘇った地球は、急速に復興を遂げようとしていた。一方、人類とガミラスの混成艦隊が、謎多きガトランティスの前衛部隊と武力衝突を繰り広げる。その渦中に、元宇宙戦艦ヤマト乗組員・古代進の姿があった──緊迫・月面大使館に潜行せよ最新鋭戦艦アンドロメダの観艦式が盛大に執り行われる。新しく樹立された地球連邦政府は、軍備拡大路線を突き進んでいるのだった。沖田艦長の命日に英雄の丘へと集う元ヤマト乗組員は、イスカンダルとの条約を反故にしてまで再軍備を進める地球の現状に、激しい違和感を覚えていた。