未知のウイルス、バグスターが人知れず蔓延する社会。政府は聖都大学附属病院に極秘部署・電脳救命センター（CR）を設置、対策を密かに進めていた。ゲームウイルスであるバグスターを倒すのはデジタルゲームの世界。ゲーム企業と共同で開発したゲーマドライバーとガシャットで適合者に選ばれた若き研修医・宝生永夢は仮面ライダーエグゼイドに変身し、バグスターから患者の命を守ることに。エリート外科医、闇の無免許医、そして事件の秘密を探る監察医…。彼らの目的はただ一つ。コンティニューなど存在しない、戦いの結末はゲームクリアだ！