生きる死ぬたった一人の神になる日本政府高官が次々と集団自殺を遂げる前代未聞の事態が発生する。チャーチ・公安の調査により、新興宗教団体「照る日の杜」が関わっていることが明らかになる。潜入調査に乗り出す公安伍係。時を同じくして日本の根底を揺るがすプロジェクトが動きだしたとの情報を入手する。任務のなか、自分たちの過去に向き合いぶつかり合う御池と柚木。暴走する小暮に雛森は何を思うのか？そして、迫り来る未曾有の危機の中、急浮上する「ミコトノリプロジェクト」の実体とは…？そんな中、サクラとして任務に当たっていた一人の男が帰国する。その男の名前は…加々美いつき。特集： 舞台・2.5次元ミュージカル作品を大特集！

‘僕らは立ちすくむ悠久と終焉の白いはざまで’警察省警備局特別公安5係に所属するスパイたちは、その目指すべき死に様から、「サクラ」と呼ばれている。国籍も戸籍も抹消された彼らには、唯一心を通わせることが許された魂の伴侶が与えられる。それが、「メサイア」―――。卒業ミッションを目前に控えたサクラ候補生、有賀涼、加々美いつき。彼らを非常な運命が襲う。加々美は、サクラとして任務に就くために、敵方によって脳に埋め込まれたチップを取り出すことになる。しかし摘出すれば、99％の確率で、直近の記憶を失うと宣告される。深い絆を結んだメサイア、有賀との記憶も…。一方、有賀には、かつて所属していた闇の組織、「第三の闇（サード・ニグマ）」が接近。有賀の奪還を計画していることが明らかになる。そして彼らに与えられる、驚愕の卒業ミッション。「ミッションは暗殺。ターゲット名は―――。」特集： 舞台・2.5次元ミュージカル作品を大特集！