突如現れた超巨大浮遊要塞が総攻撃を開始、世界の大都市が壊滅状況に陥ってしまう。仮面ライダーエグゼイド、宇宙戦隊キュウレンジャーが迎え撃つも圧倒的な大きさと数に勝る謎の敵に全く歯が立たない。だが、窮地を救うヒーローが現れる。死んだはずの九条貴利矢と見たこともないヒーローの勇姿…。敵はどこから、一体何のために来たのか？命を落としたはずの者たちがなぜ現れたのか？そして勝利の行方は？この途方もない強敵に打ち勝つカギは、ヒーローたちが新たな力を手にすること。異空間でレベルアップを繰り返し、「最強」を超えた「最強」のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起きる！

未知のウイルス、バグスターが人知れず蔓延する社会。政府は聖都大学附属病院に極秘部署・電脳救命センター（CR）を設置、対策を密かに進めていた。ゲームウイルスであるバグスターを倒すのはデジタルゲームの世界。ゲーム企業と共同で開発したゲーマドライバーとガシャットで適合者に選ばれた若き研修医・宝生永夢は仮面ライダーエグゼイドに変身し、バグスターから患者の命を守ることに。エリート外科医、闇の無免許医、そして事件の秘密を探る監察医…。彼らの目的はただ一つ。コンティニューなど存在しない、戦いの結末はゲームクリアだ！