バカボン一家は、長男のバカボンと、自由人のパパにママ、そして弟のハジメちゃんの4人家族。東京の片隅で、毎日楽しく暮らしている。ところが、そんな一家の元に、不審な男達が次々と現れるようになる。その正体は、暗黒組織・インテリペリ。彼らはなぜか‘バカボンのパパの本名’を知りたがっており、あらゆる方法でパパに近づくが、パパに翻弄されるばかりで一向に本名を聞き出せない。そこでインテリペリの総帥・ダンテは、息子のバカボンからパパの本名を聞き出そうと目論む。「子供と仲良くなるには、子供が一番だ。…特別な子供がな。」そうして召喚されたのは、地獄へと堕ちた「フランダースの犬」の主人公、ネロとパトラッシュの魂だった！狙われたバカボンの運命は？そして、バカボンのパパの本名に隠された秘密とは？天才バカボンと暗黒組織とフランダースの犬による、未曾有の戦いが始まる…。

宮崎駿監督が「月刊モデルグラフィックス」で連載していた漫画をアニメ化。実在した零戦設計者・堀越二郎と文学者・堀辰雄それぞれの要素を取り入れ、飛行機作りに情熱を傾けた青年技術者・堀越二郎の人生を描く。庵野秀明が主人公の声を担当。