地球を汚染させてしまった人類が、宇宙に殖民して、それに十分になじむ時代となっていた。しかし人類は、この宇宙でも地球上と同じように戦争の歴史を繰り返していた―。宇宙世紀153年、サイド2のほぼ全域を支配するザンスカール帝国は、長きにわたる統治の末、形骸化、腐敗した地球連邦政府に対し独立を宣言、宇宙における新たな秩序づくりの名の下に地球への武力侵攻を開始する。それはウッソ・エヴィンとシャクティ・カリンの住む東欧の不法居住区ポイント・カサレリアもまた例外ではなく、ザンスカールとそれに対抗するレジスタンス組織リガ・ミリティアの戦闘に遭遇したウッソたちは、運命に導かれるがごとく戦いに巻き込まれて行く。第1話～第26話収録。

サイド2に興ったザンスカール帝国は、女王マリアの提唱する‘マリア主義’-母なる者への回帰-を揚げて地球圏の新たな秩序を建設せんと決起する。ザンスカール帝国の最終兵器、巨大サイコミュ要塞エンジェル・ハイロウが完成した中、女王マリアの娘であったシャクティは、女王マリアの意思を継ぐかわりに、エンジェル・ハイロゥを破壊することを要求した。ウッソはシャクティを救出するために、アサルトパーツを新型MS・V2ガンダムに装着し、エンジェル・ハイロゥへ向かう。またその頃、宇宙では、ジャンヌ・ダルク、シュラク隊、そしてリーンホースJr.が、次々と戦場へと集結していくのだった…。第27話～第51話収録。